MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Helicobacter pylori v225d plasmid pHPv225d

Total Repeats: 130

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017383	ATT	2	6	364	369	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384888494
2	NC_017383	GAA	2	6	447	452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384888494
3	NC_017383	GAAT	2	8	455	462	50 %	25 %	25 %	0 %	384888494
4	NC_017383	ATA	2	6	500	505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384888494
5	NC_017383	TTA	2	6	533	538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384888494
6	NC_017383	TCAT	2	8	541	548	25 %	50 %	0 %	25 %	384888494
7	NC_017383	ACAA	2	8	563	570	75 %	0 %	0 %	25 %	384888494
8	NC_017383	AAC	2	6	621	626	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384888494
9	NC_017383	AAT	2	6	628	633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384888494
10	NC_017383	TCA	2	6	650	655	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384888494
11	NC_017383	A	7	7	714	720	100 %	0 %	0 %	0 %	384888494
12	NC_017383	TAG	2	6	834	839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384888494
13	NC_017383	GAT	2	6	865	870	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384888494
14	NC_017383	GAA	2	6	892	897	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384888494
15	NC_017383	T	6	6	899	904	0 %	100 %	0 %	0 %	384888494
16	NC_017383	A	6	6	913	918	100 %	0 %	0 %	0 %	384888494
17	NC_017383	TTTG	2	8	924	931	0 %	75 %	25 %	0 %	384888494
18	NC_017383	CAA	2	6	971	976	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384888494
19	NC_017383	T	7	7	979	985	0 %	100 %	0 %	0 %	384888494
20	NC_017383	TTG	2	6	1068	1073	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384888494
21	NC_017383	ATA	2	6	1085	1090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384888494
22	NC_017383	GAT	2	6	1102	1107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384888494
23	NC_017383	A	6	6	1108	1113	100 %	0 %	0 %	0 %	384888494
24	NC_017383	T	6	6	1173	1178	0 %	100 %	0 %	0 %	384888494
25	NC_017383	CTAGC	2	10	1196	1205	20 %	20 %	20 %	40 %	384888494
26	NC_017383	ACA	2	6	1280	1285	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384888494
27	NC_017383	CT	3	6	1398	1403	0 %	50 %	0 %	50 %	384888495
28	NC_017383	ATT	2	6	1466	1471	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384888495
29	NC_017383	TG	3	6	1528	1533	0 %	50 %	50 %	0 %	384888495
30	NC_017383	GTG	2	6	1555	1560	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384888495
31	NC_017383	TAA	2	6	1573	1578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384888495
32	NC_017383	T	8	8	1625	1632	0 %	100 %	0 %	0 %	384888495
33	NC_017383	AGA	2	6	1754	1759	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384888495
34	NC_017383	CATT	2	8	1768	1775	25 %	50 %	0 %	25 %	384888495
35	NC_017383	TAC	2	6	1863	1868	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384888495
36	NC_017383	ATT	2	6	1905	1910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384888495
37	NC_017383	T	6	6	1914	1919	0 %	100 %	0 %	0 %	384888495
38	NC_017383	GAT	2	6	1923	1928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384888495
39	NC_017383	TCT	2	6	1929	1934	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384888495
40	NC_017383	A	8	8	1945	1952	100 %	0 %	0 %	0 %	384888495
41	NC_017383	ACA	2	6	1973	1978	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384888495
42	NC_017383	AG	3	6	1995	2000	50 %	0 %	50 %	0 %	384888495
43	NC_017383	T	6	6	2058	2063	0 %	100 %	0 %	0 %	384888495
44	NC_017383	ACAA	2	8	2101	2108	75 %	0 %	0 %	25 %	384888495
45	NC_017383	ACT	2	6	2119	2124	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384888495
46	NC_017383	AT	3	6	2198	2203	50 %	50 %	0 %	0 %	384888495
47	NC_017383	TACA	2	8	2306	2313	50 %	25 %	0 %	25 %	384888495
48	NC_017383	TTA	2	6	2413	2418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384888495
49	NC_017383	T	6	6	2449	2454	0 %	100 %	0 %	0 %	384888495
50	NC_017383	CAC	2	6	2547	2552	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384888496
51	NC_017383	CAAT	2	8	2592	2599	50 %	25 %	0 %	25 %	384888496
52	NC_017383	A	7	7	2631	2637	100 %	0 %	0 %	0 %	384888496
53	NC_017383	CTT	2	6	2662	2667	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384888496
54	NC_017383	CT	3	6	2835	2840	0 %	50 %	0 %	50 %	384888496
55	NC_017383	TTAG	2	8	2862	2869	25 %	50 %	25 %	0 %	384888496
56	NC_017383	CTTG	2	8	2932	2939	0 %	50 %	25 %	25 %	384888496
57	NC_017383	CAT	2	6	2975	2980	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384888496
58	NC_017383	A	7	7	2981	2987	100 %	0 %	0 %	0 %	384888496
59	NC_017383	C	6	6	2997	3002	0 %	0 %	0 %	100 %	384888496
60	NC_017383	CCA	2	6	3026	3031	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384888496
61	NC_017383	TTTC	2	8	3059	3066	0 %	75 %	0 %	25 %	384888496
62	NC_017383	GT	3	6	3138	3143	0 %	50 %	50 %	0 %	384888496
63	NC_017383	CT	3	6	3175	3180	0 %	50 %	0 %	50 %	384888496
64	NC_017383	TCT	2	6	3183	3188	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384888496
65	NC_017383	AT	3	6	3204	3209	50 %	50 %	0 %	0 %	384888496
66	NC_017383	ACTC	2	8	3215	3222	25 %	25 %	0 %	50 %	384888496
67	NC_017383	AAT	2	6	3242	3247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384888496
68	NC_017383	GATT	2	8	3291	3298	25 %	50 %	25 %	0 %	384888496
69	NC_017383	TTTCTT	2	12	3316	3327	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	384888496
70	NC_017383	AAAT	2	8	3404	3411	75 %	25 %	0 %	0 %	384888496
71	NC_017383	ATA	2	6	3431	3436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384888496
72	NC_017383	ACA	2	6	3462	3467	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384888496
73	NC_017383	GGTC	2	8	3470	3477	0 %	25 %	50 %	25 %	384888496
74	NC_017383	T	7	7	3510	3516	0 %	100 %	0 %	0 %	384888496
75	NC_017383	A	7	7	3536	3542	100 %	0 %	0 %	0 %	384888496
76	NC_017383	CATT	2	8	3589	3596	25 %	50 %	0 %	25 %	384888496
77	NC_017383	ATC	2	6	3686	3691	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384888496
78	NC_017383	CACTC	2	10	3865	3874	20 %	20 %	0 %	60 %	384888496
79	NC_017383	AAT	2	6	3895	3900	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384888496
80	NC_017383	TTGGG	2	10	4181	4190	0 %	40 %	60 %	0 %	384888497
81	NC_017383	TTGGG	2	10	4248	4257	0 %	40 %	60 %	0 %	384888497
82	NC_017383	T	9	9	4277	4285	0 %	100 %	0 %	0 %	384888497
83	NC_017383	AG	3	6	4302	4307	50 %	0 %	50 %	0 %	384888497
84	NC_017383	A	7	7	4330	4336	100 %	0 %	0 %	0 %	384888497
85	NC_017383	A	7	7	4348	4354	100 %	0 %	0 %	0 %	384888497
86	NC_017383	CAG	2	6	4400	4405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384888497
87	NC_017383	AAC	2	6	4429	4434	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384888498
88	NC_017383	ACCTA	2	10	4446	4455	40 %	20 %	0 %	40 %	384888498
89	NC_017383	AGC	2	6	4456	4461	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384888498
90	NC_017383	GTT	2	6	4470	4475	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384888498
91	NC_017383	TA	3	6	4482	4487	50 %	50 %	0 %	0 %	384888498
92	NC_017383	CAA	2	6	4491	4496	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384888498
93	NC_017383	CT	3	6	4518	4523	0 %	50 %	0 %	50 %	384888498
94	NC_017383	TG	3	6	4548	4553	0 %	50 %	50 %	0 %	384888498
95	NC_017383	TTG	2	6	4581	4586	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384888498
96	NC_017383	ACT	2	6	4600	4605	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384888498
97	NC_017383	TCA	2	6	4606	4611	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384888498
98	NC_017383	TTA	2	6	4618	4623	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384888498
99	NC_017383	TC	3	6	4692	4697	0 %	50 %	0 %	50 %	384888499
100	NC_017383	CT	3	6	4754	4759	0 %	50 %	0 %	50 %	384888499
101	NC_017383	TCTT	2	8	4808	4815	0 %	75 %	0 %	25 %	384888499
102	NC_017383	TC	4	8	4839	4846	0 %	50 %	0 %	50 %	384888499
103	NC_017383	T	6	6	4852	4857	0 %	100 %	0 %	0 %	384888499
104	NC_017383	CAAA	3	12	5133	5144	75 %	0 %	0 %	25 %	384888500
105	NC_017383	TTA	2	6	5149	5154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384888500
106	NC_017383	A	7	7	5209	5215	100 %	0 %	0 %	0 %	384888500
107	NC_017383	CT	3	6	5243	5248	0 %	50 %	0 %	50 %	384888500
108	NC_017383	AAATC	2	10	5348	5357	60 %	20 %	0 %	20 %	384888500
109	NC_017383	TAA	2	6	5375	5380	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384888500
110	NC_017383	CAAT	2	8	5426	5433	50 %	25 %	0 %	25 %	384888500
111	NC_017383	AAC	2	6	5437	5442	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384888500
112	NC_017383	GTTA	2	8	5457	5464	25 %	50 %	25 %	0 %	384888500
113	NC_017383	AG	3	6	6186	6191	50 %	0 %	50 %	0 %	384888501
114	NC_017383	GA	3	6	6214	6219	50 %	0 %	50 %	0 %	384888501
115	NC_017383	A	7	7	6353	6359	100 %	0 %	0 %	0 %	384888501
116	NC_017383	CTAGAG	2	12	6385	6396	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	384888501
117	NC_017383	CAA	2	6	6402	6407	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384888501
118	NC_017383	AG	3	6	6447	6452	50 %	0 %	50 %	0 %	384888501
119	NC_017383	GAAC	2	8	6714	6721	50 %	0 %	25 %	25 %	384888502
120	NC_017383	GTT	2	6	6786	6791	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384888502
121	NC_017383	AG	3	6	6876	6881	50 %	0 %	50 %	0 %	384888502
122	NC_017383	AC	3	6	6901	6906	50 %	0 %	0 %	50 %	384888502
123	NC_017383	ATT	2	6	6930	6935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384888502
124	NC_017383	AG	4	8	6945	6952	50 %	0 %	50 %	0 %	384888502
125	NC_017383	ACA	2	6	6993	6998	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384888502
126	NC_017383	TCAAA	2	10	7014	7023	60 %	20 %	0 %	20 %	384888502
127	NC_017383	ACA	2	6	7084	7089	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384888502
128	NC_017383	CAAG	2	8	7092	7099	50 %	0 %	25 %	25 %	384888502
129	NC_017383	CTT	2	6	7196	7201	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384888502
130	NC_017383	ACA	2	6	7266	7271	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384888502

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.